日本医療機能評価機構の運営を維持するため、保健・医療・福祉に関する団体・企業、被保険者を代表する団体、一般企業、個人等から広く出資を募り、基本財産を設けています。運営費は、基金の果実、評価を受ける施設が負担する審査手数料、医療機能評価等に関する委託研究の受け入れ、その他の収入によって賄われています。
財団の基本財産は、次の団体等から出資されています。
・ 厚生労働省 ・ 日本医師会 ・ 日本病院会
・ 全国自治体病院協議会
・ 全日本病院協会 ・ 日本医療法人協会
・ 日本精神科病院協会 ・ 日本歯科医師会 ・ 日本看護協会
・ 日本薬剤師会 ・ 日本病院薬剤師会 ・ 健康保険組合連合会
・ 国民健康保険中央会
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