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いわゆる三六協定を締結する際には、原則として、その内容が労働大臣の定める限度基準に適合したものになるようにしなければなりません。したがって、「限度基準」（限度時間）を超えた三六協定を締結することは原則として認められません。
しかし、業務によっては、どうしても「限度基準」を上回る時間外労働が必要となることも考えられます。そこで、こうした場合における「限度基準」の弾力措置として、ご質問のような「特別条項付き協定」が認められています。
この「特別条項付き三六協定」を締結するには、 (1) 限度時間を超えて労働させることが必要な「特別の事情」、 (2) 延長する場合の「手続き」、 (3) 「特別延長時間」の３つについてあらかじめ協定しなければなりません。
ところで、貴社は、この「特別条項付き三六協定」を締結し、繁閑への備えをされているようですが、ご質問では、この協定で定めた「特別延長時間」を超えてしまいそうだとのことです。もともと、「特別条項付き三六協定」は、業務の繁閑の差が激しい場合に限度時間の例外として認められたことを考えると、「特別延長時間」を超えて労働させることは、あってはならないことです。しかし、「特別延長時間」については「限度基準」のような上限時間は定められていませんので、どうしても必要がある場合には、「特別条項付き三六協定」を締結し直し、「特別延長時間」を改定するようにします。なお、「特別延長時間」を改定する以前に実際の労働時間が「特別延長時間」を超えてしまった場合には、法違反となりますのが、違法だからといって、超えた時間に対して割増賃金の支払いが不要ということではありませんので、ご注意ください。
Point ：
「特別延長時間」を超えそうな場合には、この「特別条項付き三六協定」を締結し直し、特別延長時間を改定するほかありません。しかし、根本的には、時間外労働の発生そのものを抑制する対策を立てて、その削減を図ることが大切です。
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