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修理代に関しては、自動車保険を使わず本人に全額負担させることは、もちろん可能です。 しかし、修理代については、原則として給与から控除することはできません。給与から控除する場合には、賠償額を給与から控除することができる旨を定めた労使協定が必要です。
ご質問では、業務時間外に許可なく会社の車を運転したということですので、基本的に、会社側には何ら責任がない状態で起きた事故ということになります。したがって、本人に修理代を負担させることは妥当な措置であり、この点についてはなんら問題はありません。
また、労使協定による賃金控除について、労働基準法第 24 条第１項は、「賃金の全額払いの原則」を定めていますので、所得税、住民税、社会保険料など法令で定められたもの以外を給与から控除（天引き）するためには、労使協定が締結されている必要があります。 |
